Базовим підрозділомдля створення лабораторії інструментальних методів контролю був сектор інструментальних досліджень улабораторії контролю і стандартизації препаратів, що використовуються при відтворенні тварин, якою керував професор О. І. Сергієнко. У квітні 1991 р. сектор інструментальних досліджень очолив кандидат біологічних наук
Д. І. Санагурський.
У 1987 р. Д. І. Санагурського було направлено на стажування в Інститут експериментальної патології (м. Сухумі, Грузія) для освоєння методів РІА. Згодом було поставлено нове обладнання для радіоізотопного аналізу (фірми «LKB», Швеція) і розпочалось вивчення ролі стероїдних гормонів у функції відтворення тварин. У лабораторії проводились також дослідження гормонального статусу сільськогосподарських тварин.
У січні 1992 року була утворена лабораторія інструментальних методів контролю, до якої увійшли сектори: спектральних досліджень, електронно-мікроскопічних та ізотопних досліджень. Для потреб лабораторії була передана частина обладнання лабораторії контролю преміксів.
З 1996 року, після придбання Інститутом першого, на той час у галузі ветеринарії, рідинного хроматографа, в складі лабораторії було створено сектор аналітичної хімії і біохімії, який очолив к. б. н. В. І. Ткаченко.
З 1998 року, в зв’язку зі зміною напрямку діяльності лабораторії, який на цей період був пов‘язаний, в основному, з виконанням фармакопейного аналізу препаратів, що проходили реєстрацію в Інституті, лабораторію було поділено на два сектори: спектральних методів досліджень та хроматографічних методів досліджень.
У січні 2000 р. на базі сектору хроматографічних методів досліджень було створено лабораторію високоефективної рідинної хроматографії, яку очолив к. б. н. В. І. Ткаченко,
а лабораторію інструментальних методів контролю очолив к. с.-г. н. Д. В. Янович.