Історія відділу бере початок з 1976 року. Уже в той час у ЗУ ЗНКЛ науковці здійснювали державний контроль препаратів, що вироблялися для тваринництва і ветеринарії підприємствами різних міністерств, відомств України і Молдавії у частині випуску якісної і безпечної продукції. За проведену контрольну роботу ЗУ ЗНКЛ звітувалася Всесоюзному державному науково-контрольному інституту ветпрепаратів, м. Москва.
До зони діяльності ЗУ ЗНКЛ ВДНКІ ветпрепаратів входило 718 підприємств та організацій (у т. ч. комбікормові заводи, м’ясокомбінати) 11 областей України і Молдавії, які випускали та реалізували для потреб тваринництва і ветеринарії 175 найменувань продукції. У середньому за рік здійснювалося до 50 держконтрольних перевірок при наявності 5 атестованих держконтролерів.
Лабораторія держконтролю, стандартизації і науково-технічної інформації була створена як самостійна структурна одиниця 2.01.1991 року для проведення наукових досліджень з розробки нормативно-регламентуючих документів на виконання Закону України “Про ветеринарну медицину”, технічних умов, стандартизації ветеринарних препаратів, кормових добавок та засобів ветмедицини, здійснення координації та організації державного нагляду і контролю, в т. ч. вибіркового, за якістю хіміотерапевтичних, рослинних препаратів, кормових добавок, вітамінів, які застосовуються у ветеринарній медицині і тваринництві. При створенні Інституту 1.01.1992 року лабораторію перейменували у відділ держконтролю і стандартизації ветпрепаратів та кормових добавок. У зв’язку із зміною структури Інституту і його функціональних обов’язків, 1.01.1993 року змінилася і назва відділу, він був названий – відділ держконтролю і науково-технічної інформації, який мав 3 сектори: держконтролю і стандартизації ветпрепаратів та кормових добавок (М. І. Іванів, О. В. Савчук, О. Я. Баран, Л. І. Фляк, І. А. Голуб, Г. Т. Копійчук); науково-технічної інформації (Н. О. Сидорук, М. Т. Андрусенко, К. В. Плюндра, Е. Е. Потопальська) і науково-технічного співробітництва із зарубіжними країнами (Л. М. Волюнтковська, Д. А. Варецька). 1.06.1993 року два останні сектори були об’єднані в один – науково-технічної інформації та зарубіжних зв’язків. 1.09.1996 р. відділ було перейменовано у відділ держконтролю та стандартизації, а 1.01.2001 р. – відділ держконтролю, стандартизації і сертифікації.
У вересні 2009 р. до структури відділу був включений сектор стандартизації, сертифікації і науково-технічної інформації.