Лабораторія бактеріологічного контролю своє становлення почала з 1983 року, коли в Західно-Українській зональній науково-контрольній лабораторії був створений відділ вірусологічного і бактеріологічного контролю. У січні 1988 року відділ отримав статус лабораторії вірусологічного і бактеріологічного контролю ветеринарних препаратів, яку очолила І. К. Авдосьєва. До складу лабораторії входив сектор бактеріологічного контролю ветпрепаратів. У період з 1986 по 1989 рр. завданням лабораторії було удосконалення та впровадження ветеринарно-санітарних вимог та методів контролю сперми при штучному осіменінні тварин. У цей час лабораторія активно співпрацювала з племстанціями Львівської області, а саме: з Дрогобицькою та Судово-Вишнянською. У результаті цієї співпраці було розроблено нормативну документацію, методичні рекомендації, патенти тощо для використання як у практичній роботі, так і у підготовці спеціалістів у галузі ветеринарної медицини. Серед таких є ДСТУ 3535-97 «Сперма бугаїв нативна»; препарати на основі декаметоксину, антисепт-Д, ендодек – для лікування різних форм ендометритів у корів; декомсан – для санації сперми бугаїв-плідників.
У лабораторії у цей час також було розроблено науково-технічну документацію на препарати для боротьби з вірусними інфекціями тварин: декаот та дексок – для лікування кон`юнктивітів та отитів у непродуктивних тварин, вакцини для профілактики та активної імунізації тварин проти сказу зі штамів «Внуково-32» та «Внуково-32 М» – Рабіліс.
У 1992 року лабораторію було перейменовано у лабораторію контролю біологічних і антигельмінтних препаратів, до складу якої входив сектор бактеріологічного контролю препаратів, які застосовуються при відтворенні тварин.У вересні 2005 р. лабораторія була перейменована у лабораторію бактеріологічного контролю якості і безпечності ветеринарних препаратів, яку очолив І. М. Кушнір.